Le fondamentalisme est né aux Etats-Unis, dans le contexte du protestantisme. En 1919, des pasteurs presbytériens, baptistes et méthodistes fondent la World's Christian Fundamentals Association, pour défendre les points de la foi qui leur paraissent fondamentaux. Ils soutiennent en particulier une interprétation littérale de la Bible. Prenant à la lettre le récit de la création du monde en six jours dans la Genèse, ils rejettent les théories de Darwin sur les origines de l'homme et sur l'évolution.
Le fondamentalisme s’inscrivait principalement comme une réaction au scepticisme, à la libre pensée, au rationalisme et au laxisme, autant de produits du libéralisme protestant.